Najczęstszym mechanizmem naprawy uszkodzenia powstałego w jednej z dwu nici DNA jest wycinanie uszkodzonego miejsca dobudowanie brakującej sekwencji według wzoru zachowanego w nici komplementarnej. Mimo iż w reperacji „przez wycinanie” zaangażowanych jest wiele enzymów, między innymi nukleazy wycinające uszkodzony odcinek, polimeraza uzupełniająca lukę po wycięciu, ligaza — enzym łączący nowo wstawiony odcinek z przylegającymi końcami nici DNA, proces ten jest bardzo dokładny i praktycznie nie powoduje błędów. I tu jednak mogą powstawać trwałe mutacje. Skąd się one biorą? Niektórzy badacze skłaniają się do wniosku, że mogą one powstawać podczas tak zwanej naprawy SOS. Jest to, jak wskazuje sama nazwa, naprawa przeprowadzana w warunkach największego zagrożenia, a więc wtedy, gdy brak jest nici komplementarnej, według której mogłaby nastąpić normalna naprawa, na przykład przez wycinanie. Naprawa SOS występowałaby podczas replikacji DNA, w momencie jej zatrzymania w miejscu, które uległo zmianie chemicznej (np. na skutek fotodimeryzacji lub działania mutagenu chemicznego) i nie zostało naprawione przez żaden z działających w komórce systemów naprawczych. Do sytuacji takiej może dochodzić na przykład wtedy, gdy za częstością uszkodzeń nie nadąża wydajność systemu naprawczego. Ponieważ w zmienionym miejscu w DNA tworzenie normalnych par komplementarnych nie jest możliwe, replikacja ulega zatrzymaniu.